Фамилия Мердоголимов — один из тех редких случаев, когда этимология бросается в глаза, но не даёт однозначного ответа. Её основа — скорее всего, не русская, а тюркская или иранская, и разобрать её стоит, отталкиваясь от самого необычного элемента — «мердо».

Первая часть, «Мердо», восходит к персидскому или тюркскому корню со значением «человек» или «мужчина» (ср. персидское «мард» — мужчина, человек). В тюркских языках есть похожее слово «мерт» (герой, молодец), но форма «мердо» ближе к иранскому влиянию. Вторая часть, «голим», может быть искажением арабского «алим» (учёный, знающий) или тюркского «гюль» (цветок, роза) с суффиксом -им. Получается, что в основе фамилии лежит прозвище или составное имя, которое можно перевести как «человек-учёный» или «муж-цветок» — в зависимости от того, какая версия ближе к реальности.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий: так закрепили за потомками человека по имени или прозвищу Мердоголим. Это типичный патроним, характерный для регионов, где русское население контактировало с тюркскими и кавказскими народами — Поволжья, Урала или Северного Кавказа. Носители фамилии могли быть из татарской, башкирской или азербайджанской среды, принявшими русскую фамильную форму.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с топонимом. Если существовал населённый пункт вроде Мердогол или Мердоголим, то фамилия могла быть образована от названия места жительства. Однако в доступных справочниках такой топоним не фиксируется, так что версия с личным прозвищем остаётся основной.

Фамилия встречается крайне редко, и это делает её ценной для генеалогического поиска. Если предки носили её, стоит обратить внимание на архивные записи XIX века в регионах с сильным тюркским влиянием — скорее всего, родоначальник был человеком грамотным или уважаемым, раз его прозвали «учёным мужем».