Фамилия Мергалимова — редкая и по звучанию, и по происхождению. Она явно тюркская, с арабским вкраплением, и её разбор даёт ключ к пониманию того, кем могли быть предки носительницы этой фамилии.

Основа фамилии — мужское имя Мергалим. Оно составное: первая часть «мер» (или «мир») восходит к арабскому «амир» — повелитель, князь, господин. Вторая часть — «галим» (от арабского «алим») — знающий, учёный, мудрец. В исламской традиции «алим» — это богослов, человек, обладающий знанием. Таким образом, имя Мергалим можно перевести как «владыка знаний» или «князь учёных». Это не бытовое прозвище, а имя, которое давали с пожеланием ребёнку стать уважаемым, образованным человеком.

Типичный для русской традиции суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на то, что фамилия русская по форме, но не по корню. Она образована по модели «чей сын?»: Мергалимов — сын Мергалима. Такое оформление характерно для фамилий, которые возникли в среде крещёных татар, башкир или казахов, живших в контакте с русским населением. В отличие от, скажем, татарских фамилий на -ин (типа Мергалимин), вариант на -ов тяготеет к более позднему, «обрусевшему» пласту.

Географически фамилия Мергалимова встречается преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Это зона расселения южных башкир и оренбургских казаков, среди которых было много тюркоязычных мусульман, принимавших православие и менявших родовые имена на фамилии. Учитывая, что имя Мергалим — книжное, мусульманское, предки носительницы фамилии, скорее всего, были из среды духовенства (муллы, мударрисы) или зажиточных крестьян, ценивших грамотность.

Интересная деталь: ударение в фамилии может падать как на второй слог (Мергáлимова), так и на третий (Мергали́мова). Первый вариант ближе к тюркскому произношению имени, второй — к русской привычке выделять суффикс. Оба варианта встречаются в документах, что говорит о незавершённом процессе «обрусения» фамилии.

Других, более прозаических версий происхождения (от ремесла или прозвища) у этой фамилии нет. Слишком прозрачно её значение: она прямо указывает на имя-пожелание, а не на профессию или внешность предка.