Фамилия Меримеря — редкий случай, когда в основе фамилии лежит не имя, не профессия и не черта характера, а целое племенное название. Это отсылка к древнему финно-угорскому племени меря, которое в раннем Средневековье жило на территории современных Ярославской, Костромской, Ивановской и Владимирской областей. Летописи упоминают мерю как народ, говоривший на языке, близком к марийскому и мордовским, но к XIII–XIV векам они были ассимилированы славянами, оставив после себя множество географических названий на -ерь, -арь, -мерь.

Фамилия образована по необычной модели: повтор корня «меря» с соединительным элементом. Это так называемая редупликация (удвоение основы), которая в русских фамилиях встречается редко. Чаще всего так строили прозвища, подчёркивающие яркую, «двойную» характеристику человека. В данном случае «Меримеря» могло означать «настоящий меря», «истинный представитель племени» или даже «меря из меря» — прозвище, данное человеку, который внешностью, говором или обычаями сильно выделялся на фоне славянского окружения и напоминал коренных жителей этих земель.

Вероятнее всего, фамилия закрепилась в тех краях, где память о мере сохранялась особенно долго, — в Залесье (Ростово-Суздальская земля). Носитель фамилии мог быть потомком обрусевшего мерянина, которого соседи дразнили «Меримеря» за его корни, или же переселенцем, получившим такое прозвище из-за того, что поселился на месте бывшего мерянского городища. В любом случае, это не случайная фамилия, а маркер этнической истории, застывший в паспорте.

Словообразовательный суффикс отсутствует — фамилия стоит в чистой основе, без типичных русских окончаний -ов, -ин или -ский. Это указывает на то, что она могла быть прозвищем, которое так и не переделали в стандартную форму, или же на её недавнее возникновение (например, в XIX веке, когда такие «говорящие» фамилии давали по местности). Встречается она крайне редко, и её носители, скорее всего, сосредоточены в Верхнем Поволжье.