Фамилия Меркер ведет свое начало от немецкого слова Merk, которое в переводе на русский язык означает «метка, знак». Вполне возможно, что во внешности или поведении предка была какая-то особая примета, отличительная черта (например, шрам на лице или хромота). Однако не исключено, что Меркером прозвали человека, жившего у пограничного столба или того, кто занимался межеванием земель.