Фамилия Меркеева — вариант женского рода, а её мужская форма — Меркеев. Это типичная русская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — «Меркей» или «Мерке».

Корень фамилии — тюркский. В основе лежит имя Меркей, которое восходит к тюркскому слову «мерке» (или «мерген») — «меткий стрелок», «охотник». В тюркских языках, особенно у башкир, татар, казахов, это имя было распространено как личное, подчёркивающее мастерство воина или охотника. Со временем, когда тюркские народы вошли в состав Русского государства, такие имена адаптировались в русской среде: их русифицировали, добавляя суффикс -ев, и превращали в фамилии.

Есть и другая версия, менее вероятная, но возможная: Меркей могло быть прозвищем от русского диалектного слова «меркнуть» (терять яркость, тускнеть) или от «мерка» (мера, размер). Однако в ономастике чаще ссылаются на тюркское происхождение, так как фамилии с корнем «Мерк-» (Меркеев, Меркулов, Меркеров) особенно характерны для регионов Поволжья и Урала, где исторически жили тюркские народы.

Географически фамилия Меркеева встречается в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. В этих местах она могла возникнуть у русских, принявших фамилию от тюркского соседа или родственника, либо у крещёных татар и башкир, которые получали русские фамилии по отцу.

Таким образом, предки носителя фамилии Меркеев, скорее всего, были людьми, чей родоначальник носил имя Меркей — меткий стрелок или охотник. Фамилия не дворянская, а крестьянская или казачья, что подтверждается её распространённостью в сельских районах. В написании «Меркеева» (а не «Меркеев») окончание -а указывает на то, что речь идёт о женщине.