Фамилия Меркесова — женская форма, мужской вариант — Меркесов. В русской ономастике это довольно редкая фамилия, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, стоит отбросить суффикс -ов- (типичный для русских фамилий, образованных от отчества или прозвища) и посмотреть на основу «Меркес».

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках есть имя Меркес (или Меркис), которое может восходить к слову «мерке» — «древний», «старинный» или «крепкий», «здоровый». В таком случае Меркес — это личное имя, которое в русской среде превратилось в прозвище, а затем в фамилию. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Меркеса». Это типичная модель для фамилий, возникших у народов Поволжья, Приуралья или Сибири, где активно шло взаимодействие славянского и тюркского населения.

Менее распространённая гипотеза — связь с немецкой фамилией Merkes. В немецком языке Merkes может быть вариантом фамилии Merk (от имени Марк или от слова «merken» — замечать). Однако для России такая фамилия скорее исключение, так как немецкие фамилии обычно заканчиваются на -с без русского суффикса -ов (например, Меркес, а не Меркесов). Появление окончания -ов говорит о том, что фамилия прошла русификацию, что характерно для переселенцев, осевших среди русских, но в случае с Меркесовой это менее типично, чем тюркское происхождение.

Географически фамилия встречается в рассеянном виде по всей России, но чаще её можно встретить в регионах с исторически смешанным населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Сословно носители фамилии могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми (например, казаками или ямщиками), так как тюркские имена часто давали в среде, где ценились физическая сила и выносливость. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог: Ме́ркесова, что тоже свойственно многим фамилиям тюркского происхождения, адаптированным в русском языке.