Фамилия Мерекесова — редкий случай, когда в основе лежит не имя или прозвище, а географическое название. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ов (в женском роде -ова), остаётся корень Мерекес. Скорее всего, он восходит к названию казахского или киргизского аула Мереке (встречается в Казахстане, особенно в Кызылординской области). Прибавление к топониму суффикса -ес — нестандартный ход для тюркских языков, но именно он превращает название места в прозвище или родовое имя: «Мерекес» могло означать «человек из Мереке» или «относящийся к Мереке».

По другой, менее вероятной версии, основа — личное имя Мереке. В казахском языке «мереке» переводится как «праздник», «торжество». Имя с таким значением могли дать ребёнку, родившемуся в большой праздник, или как пожелание счастливой, радостной жизни. Однако суффикс -ес при имени нехарактерен — обычно фамилии от тюркских имён образуются напрямую (Мереке + -ов). Поэтому версия с топонимом выглядит убедительнее: фамилия фиксирует не личное качество, а место выхода рода.

Суффикс -ов указывает, что фамилия русифицирована — типичная практика для XIX–начала XX века, когда тюркские родовые прозвания записывали в метриках по русской модели. Первым носителем был, скорее всего, мужчина по прозвищу Мерекес — так его называли соседи или чиновники, указывая, откуда он родом. Его потомки стали Мерекесовыми. Фамилия сохранила региональную окраску: основная масса носителей до сих пор живёт на юге Казахстана и в прилегающих областях России (Оренбуржье, Астраханская область).

В написании есть одна особенность: ударение, скорее всего, падает на второй слог (Мерéкесова), а не на последний, как в типичных русских фамилиях. Это выдает тюркскую ритмику слова.

Других версий — от древнерусского прозвища или славянского корня — нет. Фамилия полностью сохраняет связь с казахским языком и историей переселений.