Фамилия Мерекенов — редкий пример, где корень почти наверняка не славянский, а тюркский или монгольский. Основа «Мерекен» восходит к личному имени Мерекен, которое в свою очередь образовано от «мерек» — в казахском и некоторых других тюркских языках это слово означает «цель», «метка», «мишень». Имя Мерекен, таким образом, могло быть дано мальчику с пожеланием точности, меткости или как оберег, указывающий на «меткого» стрелка. Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с монгольским «мөрөн» (река), но в фамилии звучит «к», а не «р», что делает эту гипотезу слабой.

Суффикс «-ов» указывает на русификацию фамилии в XVIII–XIX веках. Когда народы Средней Азии и Казахстана вошли в состав Российской империи, их фамилии часто оформляли по русскому образцу: к основе добавляли патронимический суффикс «-ов» или «-ев», означающий «сын такого-то». Мерекенов — буквально «сын Мерекена». Аналогично образованы фамилии Есимов (от Есим), Тлеуов (от Тлеу) и другие казахские фамилии с русским окончанием.

Географически фамилия Мерекенов почти не встречается за пределами Казахстана и прилегающих регионов России (Астраханская, Оренбургская области). Это указывает на локальное бытование: носители, скорее всего, происходят из западных или центральных областей Казахстана, где были распространены родовые имена с корнем «мерек». В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия практически не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — вероятно, в начале XX века, когда шла массовая фиксация фамилий у кочевого населения.

Социальный контекст: предки Мерекеновых, скорее всего, были скотоводами или охотниками. Имя Мерекен (меткий) хорошо вписывается в кочевую культуру, где охота и защита стада требовали точности. Дворянских корней у фамилии нет — это крестьянская или «инородческая» фамилия, которая не попала в гербовники. Единственная особенность написания: в дореволюционных документах могла встречаться форма «Мерекенев» (под влиянием русских фамилий на «-енев»), но современный вариант «Мерекенов» закрепился как нормативный.