Фамилия Мерена — редкий случай, когда написание не даёт однозначной подсказки о происхождении. С первого взгляда кажется, что перед нами фамилия на -а, типичная для украинской или белорусской традиции (как Шевченко, Гмыря). Однако в русском языке фамилии на -а встречаются реже и почти всегда указывают на прозвищную основу, а не на принадлежность роду. В случае Мерены всё ещё необычнее: это не усечённая форма (вроде Меренко) и не женский вариант от Мерен. Скорее всего, перед нами застывшая форма старого прозвища, которое не получило патронимического суффикса.

Корень «мерен» надёжно связывается со словом «мерен» или «мерин» — кастрированный жеребец. В говорах «мереном» называли не только коня, но и вялого, медлительного человека, а иногда — рослого и неуклюжего. Прозвище Мерена могли дать крестьянину, который работал с лошадьми, или просто человеку с тяжёлой походкой. Фамилия образована напрямую от этого прозвища без добавления суффикса принадлежности — модель «Мерена» означает «человек по прозвищу Мерена». Такая модель встречается в южнорусских и украинских землях, где фамилии часто закреплялись в именительном падеже: Гуляй, Нечай, Мерена.

Вторая, менее вероятная версия — связь с гидронимом. Мерена — название нескольких мелких речек в бассейне Днепра и Оки. Если предки жили на берегу такой реки, прозвище могло перейти на всю семью по месту жительства. Но гидронимическая версия слабее: обычно фамилии от названий рек образуются с суффиксами (-ский, -ин), а не в чистом виде.

Географически фамилия Мерена встречается точечно: в Черниговской области Украины, на Брянщине и в некоторых районах Беларуси. Это подтверждает версию о южнорусском или украинском происхождении с диалектной основой. Встречается и вариант написания через «и» — Мерина, но он ещё реже.

Сословно предки Мерена, скорее всего, были крестьянами или однодворцами. Фамилия не дворянская и не купеческая — в старых родословных книгах она не фиксируется. Известных носителей с общероссийской славой нет, что тоже говорит о локальном бытовании фамилии.