Фамилия Мерега — редкий случай, когда прозвище или географическое название перешло в фамилию почти без изменений, без типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это так называемая «нетронутая» фамилия, которая застыла в форме исходного слова. Чаще всего такие фамилии встречаются на Украине, в Белоруссии и на юге России, где была распространена модель называть человека просто по прозвищу (Мерега, а не Мерегин или Мерегов).

Корень «мерег-» в русских и украинских говорах имеет два основных значения. Первое — диалектное слово «мерега» (или «мерёга»): так называли мелкую рыболовную сеть, разновидность невода. Второе значение — географическое: «мерега» могла означать топкое, болотистое место, часто поросшее кустарником. В этом случае фамилия могла возникнуть у человека, жившего у такого болота, либо у рыбака, промышлявшего мерегой.

Есть и более редкая версия, связывающая фамилию с украинским глаголом «мережити» — вышивать, плести кружево или, в переносном смысле, делать что-то кропотливо и мелко. В таком случае Мерегой могли прозвать искусного вышивальщика или мастера по плетению сетей — человека, чья работа требовала терпения и аккуратности.

Написание фамилии через «е» (а не через «ё») — скорее всего, результат орфографической нормы: в документах букву «ё» часто заменяли на «е». Поэтому произноситься фамилия могла и как Мерёга, что ближе к диалектному произношению слова «мерёжа» (сеть). Встречается фамилия преимущественно на западе России (Псковская, Новгородская области) и в восточных областях Украины, что совпадает с ареалом распространения слова «мерега» в значении «сеть» или «топь».

Таким образом, предок носителя фамилии Мерега, скорее всего, был либо рыбаком, либо жил у болотистой речки, либо занимался плетением. Фамилия не указывает на дворянское или крестьянское происхождение — она бытовала в разных сословиях, но чаще всего встречалась среди крестьян и рыбацких артелей.