Фамилия Мерегин образована от прозвища или имени Мерега, и у этого корня есть как минимум три разных объяснения. Какое из них ближе к истине — зависит от того, в какой среде закрепилось прозвище.

Самая бытовая версия отсылает к нарицательному «мерега» — так называли редкое вязание или тканье, а также мережку, сквозную узорчатую прошивку на ткани, которую делают, выдергивая поперечные нитки. Это кропотливая работа, требовавшая терпения и точного глаза, поэтому прозвище Мерега, скорее всего, носило профессиональный характер. Так могли назвать мастерицу-вышивальщицу или ткача, чьё ремесло было узнаваемым в округе. В этом случае фамилия Мерегин — потомок человека, который занимался ажурным шитьём.

Другая версия связывает прозвище с глаголом «мерекать», то есть думать, гадать, смекать, угадывать. Тогда Мерегой называли сообразительного человека, который быстро оценивал обстановку и находил правильный порядок действий. Это прозвище отражало не ремесло, а склад ума. Обе версии — и ремесленная, и характерологическая — вполне правдоподобны, и обе укладываются в типичную для русских фамилий модель: прозвище, данное по занятию или черте, со временем закрепилось за родом.

Третья версия уводит в сторону монгольского слова «мөрөг» — карп. Если Мерега — это личное имя, данное ребёнку в честь рыбы, то перед нами древняя традиция наречения именами животных. Родители хотели, чтобы природа приняла ребёнка как своего и передала ему качества, приписываемые карпу, — живучесть, силу, плодовитость. Эта версия менее вероятна для русского быта, но полностью исключать её нельзя: в пограничных и торговых регионах такое влияние встречалось.

Словообразовательная модель проста: фамилия построена по типу «Мерега + -ин», то есть «чей?» — сын Мереги. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а/-я, и здесь он работает без натяжек. С точки зрения ономастики, фамилия Мерегин относится к разряду прозвищных, а не крестильных: в святцах имени Мерега нет.

Сложно сказать, какая из версий главная. Если фамилия бытовала в северных или центральных губерниях, где было развито кружевное и вышивальное ремесло, — вероятнее первая. Если в среде, где ценили смекалку и быстроту ума, — вторая. Монгольский след возможен, но скорее как экзотика. В любом случае фамилия Мерегин — редкая, и её носители могут с равным основанием считать себя потомками мастера по мережке или человека, который «мерекал» лучше других.