Фамилия Мерекина отвечает на вопрос «чей?» и образована от личного прозвища Мерека. В основе лежит диалектный глагол «мерекать», который в разных говорах означал «смекать, соображать», а в некоторых местах — «бредить, говорить невпопад». Прозвище Мерека, скорее всего, закрепилось за человеком сообразительным, который быстро оценивал обстановку и находил правильный порядок действий. Хотя нельзя исключать и ироничный вариант: так могли окликнуть рассеянного мечтателя, витающего в облаках.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мерекина — буквально «дочь, жена или вдова Мереки». Мужской вариант фамилии — Мерекин. Такая модель типична для северорусских и сибирских фамилий, где притяжательные прилагательные с -ин образовывались от прозвищ, оканчивающихся на -а.

Родственные фамилии — Мерекин, Мереков, Мерецкий. Все они восходят к тому же корню, но закрепились в разных регионах. Если Мерекины встречаются в документах XVII–XVIII веков в Поморье и на Урале, то Мерековы чаще фиксировались в среднерусских говорах.

Интересно, что слово «мерекать» родственно литературному «смекать» и древнерусскому «мѣрити» — «мерить, соразмерять». То есть изначальный смысл — «прикидывать на глаз, взвешивать в уме». Поэтому прозвище Мерека могло относиться к человеку практичного склада, который всё делает с расчётом. Со временем прозвище перестало быть характеристикой и закрепилось как наследственное имя, передаваясь из поколения в поколение уже безотносительно к личным качествам носителя.

Сегодня фамилия Мерекина нечастотна, но не исчезла. Она сохранилась в основном в тех же регионах, где бытовало исходное слово, — на Русском Севере, в Кировской области и в Сибири, куда переселенцы принесли её в XVIII–XIX веках.