Фамилия Меркесов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ов, получим корень «Меркес». В тюркских языках, особенно в казахском и башкирском, слово «меркес» или «мергэн» означает «меткий стрелок», «снайпер», «охотник». Прозвище Меркес могли дать человеку, который славился точным глазом и умелым обращением с луком или ружьем. В кочевой культуре такое качество ценилось высоко, поэтому прозвище легко закреплялось и переходило в фамилию.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах русского Севера и Сибири словом «меркес» называли мелкую рыбешку, снетка или мойву. Тогда прозвище могло быть ироничным — так дразнили невысокого, щуплого человека. Но эта версия слабее: во-первых, слово «меркес» в значении «рыба» — локальное и редкое, во-вторых, прозвища от названий мелкой рыбы обычно образуются через суффикс -ин (Меркесин), а не -ов.

География фамилии подсказывает, что её носители — не случайные люди. Меркесовы встречаются в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане, то есть в зоне активных контактов русского и тюркского населения. Скорее всего, предки носителя фамилии были либо обрусевшими башкирами или татарами, либо русскими, взявшими прозвище от соседей. Суффикс -ов указывает, что фамилия оформлялась уже в русской среде, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам и казакам массово давали фамилии по отцу или по прозвищу.

Встречается также написание Меркезев, но это, скорее всего, диалектный вариант, где «с» перешло в «з» из-за озвончения в потоке речи. Основной костяк фамилии — Меркесовы — сохранился именно в южноуральском регионе. Среди известных носителей можно назвать разве что краеведов, упоминающих местных крестьян и казаков с этой фамилией в метрических книгах XIX века, но широкой известности фамилия не получила.

Таким образом, если вы Меркесов, с высокой вероятностью ваши предки — люди из приуральских степей, где меткий выстрел кормил семью, а прозвище пережило века.