Фамилия Меркешов — редкий случай, когда географическая привязка оказывается прочнее и яснее, чем этимология корня. В первую очередь она указывает на северокавказское происхождение, а точнее — на осетинские корни. Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который присоединили к основе Меркеш. Сама основа, скорее всего, представляет собой русифицированную запись осетинского имени или прозвища Меркеш (Мергъес, Меркес). В осетинском языке «мергъ» означает «ястреб», а суффикс -ес придаёт слову характер прозвища. Таким образом, исходное Меркеш могло значить «Ястребёнок» или «Похожий на ястреба» — типичное для горских народов прозвище по сходству с хищной птицей, подчёркивающее зоркость, смелость или стремительность.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской административной среде, скорее всего, во второй половине XIX — начале XX века, при записи осетин в метрические книги. Это не исконно русская фамилия, а пример адаптации нерусского имени под стандарты Российской империи. В самой Осетии аналогичные фамилии (Меркесов, Меркушев) встречаются, но Меркешов — более редкая ветвь, возможно, закрепившаяся в диаспоре или в результате искажения на письме.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским «меркеш» — «порядок, череда» или с арабским именем Маркиш. Но она слабая, так как в тюркских языках подобные личные имена не фиксируются, а арабский корень не объясняет характерный осетинский звуковой облик. Правдоподобнее всего держаться за «ястребиную» версию: предок носителя фамилии Меркешов, по всей видимости, был осетином, получившим прозвище Меркеш за охотничью удаль или острый глаз.

Фамилия не получила широкого распространения за пределами Северного Кавказа. Её носители встречаются в Северной Осетии, Кабардино-Балкарии, а также среди потомков осетинской диаспоры в других регионах России. Сословно — это, скорее всего, выходцы из крестьян-общинников или горских узденей (свободных крестьян), не имевших дворянского титула, но и не бывших крепостными.