Фамилия Меркешкин произошла от просторечной формы крестильного имени Меркурий. Цепочка здесь длинная и любопытная: древнеримский бог Меркурий, покровитель торговли, изображавшийся с крылышками на ногах, дал имя христианскому святому — монаху, ставшему в XIII веке смоленским епископом. В память о нём тысячи простых русских крестьянских ребят крестили Меркуриями. В народе это имя быстро переиначили на свой лад: в Меркулу, а иногда и в Меркешу или Меркешку.

Именно от уменьшительной формы Меркешка и пошла фамилия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Меркешкин буквально значит «сын Меркешки», «ребёнок того, кого звали Меркешкой». Такая модель образования — одна из самых распространённых в русской ономастике, она фиксирует имя отца как родовое прозвище семьи.

Интересно, что в основе лежит не каноническая церковная форма, а именно народная, разговорная. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в среде простых людей, где имена в быту звучали сокращённо и ласково. Подобные варианты встречались и у других имён: например, из того же Меркурия могли сделать Меркулова, но Меркешкин — вариант более «домашний», с двойным уменьшительным суффиксом.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и в каждом регионе он шёл своим темпом. Однако сам факт, что фамилия сохранила такую архаичную форму имени, делает её ценным памятником славянской письменности и культуры, живым свидетельством того, как звучала живая речь несколько веков назад.