Основой фамилии Меркешкин послужило церковное имя Меркешка. Фамилия Меркешкин восходит к имени древнеримского бога, покровителя торговли, Меркурию, изображаемому с крылышками на ногах. В честь него Меркурием был наречен монах, ставший в XIII веке смоленским епископом, а уж в память последнего тысячи простых русских крестьянских ребят были крещены Меркуриями; в просторечии их переиначивали в Меркулу, иногда же называли Меркешами, Меркешками. Таким образом, в основе фамилии Меркешкина лежит просторечная форма крестильного имени Меркурий. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Меркешка, со временем получил фамилию Меркешкин.