Фамилия Меркешкин образована от просторечной формы крестильного имени Меркурий. Цепочка здесь длинная, но прямая: древнеримский бог торговли Меркурий, изображаемый с крылышками на ногах, дал имя христианскому святому — монаху, ставшему в XIII веке смоленским епископом. В память об этом святом тысячи простых русских крестьянских ребят были крещены Меркуриями. В народной речи это имя переиначивали до неузнаваемости: Меркул, а иногда и Меркеша, Меркешка. Вот от этой ласковой, «домашней» формы и пошла фамилия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Меркешкин буквально значит «сын Меркешки», «ребенок Меркешки». Это типичная модель русских фамилий, образованных от уменьшительных имен, которые в быту полностью вытесняли полное церковное имя. Интересно, что само имя Меркурий в крестьянской среде было распространено довольно широко, но давало разные фамилии: от формы Меркул появились Меркуловы, от Меркуши — Меркушины, а от Меркеши — Меркешкины. Так один святой породил целое гнездо разных родов.

Стоит заметить, что имя Меркешка звучит необычно для современного уха, но для XVI–XVII веков это была обычная практика — резать длинные и непривычные календарные имена на короткие, удобные в обиходе. Поэтому, если ваши предки носили фамилию Меркешкин, они почти наверняка происходили из крестьянской или посадской среды, где такие переделки церковных имен были нормой. Дворянские роды предпочитали более книжные формы, а вот в деревне Меркешкой могли звать любого Меркурия.

Сама фамилия не частая, но и не уникальная. Встречается она преимущественно в центральной России и Поволжье — регионах, где имя Меркурий почиталось особенно. Если копнуть глубже, можно найти однокоренные фамилии Меркешев и Меркешин — они образованы от тех же просторечных вариантов, но с разными суффиксами, что еще раз подтверждает: основа у всех одна — имя древнего бога, ставшее христианским, а затем и крестьянским прозвищем.