Фамилия Меркишкин звучит редко и цепляет внимание необычным корнем. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать словообразовательную цепочку. Основа здесь — «Меркишк-», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Меркишка. Само прозвище Меркишка — это уменьшительно-уничижительная форма от имени или прозвища Мерка. А вот с корнем «Мерк-» начинается главная загадка.

Первая и самая прямая версия — связь с глаголом «меркнуть» (терять свет, тускнеть). В таком случае Меркой или Меркишкой в старину могли прозвать человека неяркого, незаметного, возможно, с блёклой внешностью или тихим нравом. Такие прозвища по внешним или поведенческим признакам — обычное дело для русской антропонимии. Параллель напрашивается с фамилиями Меркулов, Меркушин, но там основа чаще восходит к имени Меркурий, а не к славянскому глаголу.

Вторая версия, более редкая и локальная, выводит корень из диалектного слова «мерка» — так в некоторых говорах называли меру сыпучих тел или небольшую ёмкость. Если предок получил прозвище Мерка за то, что торговал зерном или работал мерщиком (человеком, отмеряющим товар), то его сын становился Меркишкиным. В пользу этой гипотезы говорит продуктивность суффикса «-к-» в прозвищах по профессии (ср. Шилка, Сечка, Толкач).

Географически фамилия Меркишкин встречается крайне рассеянно, без ярко выраженного гнезда. Единичные записи есть в Поволжье и на юге России. Это говорит о том, что фамилия, скорее всего, не дворянская и не крестьянская «гнездовая», а возникла в разных местах независимо от одного прозвища. В сословном отношении — почти наверняка крестьянская или мещанская, суффикс «-ин» типичен для центральной России.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Меркишкин стоит в одном ряду с Мерковым, Меркиным и Меркушкиным. Но если «Мерков» может быть и от имени Меркурий, то форма «Меркишка» с суффиксом «-ишк-» однозначно несёт оттенок пренебрежения или уменьшительности — так в быту могли называть ребёнка или человека низкого социального статуса. Поэтому самая правдоподобная версия: предок носителя фамилии получил прозвище Меркишка либо за неяркую внешность (от «меркнуть»), либо за занятие, связанное с мерами и измерением.