Имя Меркушка восходит к имени древнеримского бога, покровителя торговли — Меркурия, который изображался с крылышками на ногах. Один из Меркуриев пострадал в III веке за христианскую веру и был объявлен церковью великомучеником. В честь него Меркурием был наречен монах, ставший в XIII веке смоленским епископом, а уж в память последнего тысячи простых русских крестьянских ребят были крещены Меркуриями. В просторечии их называли Меркулами, иногда же называли Меркушками. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Меркушка, со временем получил фамилию Меркушкин.