Фамилия Меркушкина — женская форма фамилии Меркушкин. В русской традиции она образована от мужской фамилии с помощью суффикса -а, который указывает на принадлежность к роду: жена или дочь Меркушкина. Сама же мужская фамилия Меркушкин — типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от имени или прозвища отца.

В основе фамилии лежит имя Меркушка — народная, обиходная форма крестильного имени Меркурий. Это имя носил раннехристианский святой, великомученик Меркурий Кесарийский, почитаемый в православии. В русской среде имя Меркурий, как и многие другие «календарные» имена, часто сокращали и переделывали на бытовой лад: Меркул, Меркуша, а уменьшительно-ласкательная форма — Меркушка. Именно от неё и пошла фамилия.

Суффикс -ин в фамилии Меркушкин указывает на древнейший тип образования русских фамилий: он присоединялся к основам на -а или -я. Если отец был Меркушка, то его дети становились Меркушкиными, то есть «чьи?» — принадлежащие Меркушке. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных регионах России, в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках.

Стоит отметить, что фамилия Меркушкин — не самая частая, но и не редкая. Её географическое ядро, по данным современных исследований, тяготеет к Поволжью. Наиболее известный носитель — Николай Иванович Меркушкин, бывший глава Мордовии и губернатор Самарской области, что косвенно подтверждает эту региональную привязку. Однако в женской форме Меркушкина фамилия встречается повсеместно, где живут потомки того самого Меркушки.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Меркушкин — более «демократичный» вариант. В отличие от Меркурьева или Меркулова, которые могли принадлежать духовенству или более грамотным слоям (там использовалась полная форма имени), Меркушкин явно указывает на простонародное происхождение: предок был крестьянином или ремесленником, которого в быту звали именно Меркушкой.