Фамилия Меркушкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Меркушкин послужило церковное имя Меркурий. Имя Меркушка восходит к имени древнеримского бога, покровителя торговли — Меркурия, который изображался с крылышками на ногах. Один из Меркуриев пострадал в III веке за христианскую веру и был объявлен церковью великомучеником. В честь него Меркурием был наречен монах, ставший в XIII веке смоленским епископом, а уж в память последнего тысячи простых русских крестьянских ребят были крещены Меркуриями. В просторечии их называли Меркулами, иногда же называли Меркушками. Таким образом, в основе фамилии Меркушкин лежит просторечная форма крестильного имени Меркурий. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Меркушка, со временем получил фамилию Меркушкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Меркушкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Меркушкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.