Фамилия Меркушина образована от мужского имени Меркуша, которое в старину было вполне самостоятельным, «мирским» именем, а не просто сокращением. В основе этого имени лежит древнеримское Меркурий — имя бога, покровителя торговли и ремесла, которого изображали с крылышками на ногах. После крещения Руси имя Меркурий вошло в святцы благодаря раннехристианским святым, но в народной среде оно быстро приобрело уменьшительную форму Меркуша. Эта форма звучала проще и привычнее для повседневной речи, поэтому её часто использовали в быту, не обращаясь к полному церковному варианту.

Фамилия Меркушина относится к распространённому типу русских фамилий, образованных от так называемых «полуимен» — ласкательных или обиходных форм крестильных имен. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Меркушина буквально означает «дочь Меркуши» или «жена Меркуши», а в более широком смысле — «из рода Меркушиных». Такая модель словообразования характерна для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов.

Интересно, что имя Меркурий в русской традиции не прижилось в полной форме, зато дало целый пласт однокоренных фамилий: Меркулов, Меркурьев, Меркушев и, конечно, Меркушин. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами, которые показывают, как именно в конкретной семье называли родоначальника. Меркушина — одна из самых «домашних» форм: она сохранила тепло уменьшительного имени, которое, вероятно, закрепилось за человеком, носившим его с детства.

Поскольку имя Меркурий было связано с торговлей, в народном сознании за ним закрепилась ассоциация с ловкостью, подвижностью и предприимчивостью. Однако применительно к фамилии это скорее поэтическое наблюдение, чем прямое указание на род занятий предков. Меркушей могли назвать и крестьянина, и ремесленника — имя было распространено в разных сословиях, не только среди купцов.

Сегодня фамилия Меркушина встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её давнюю историю в этих краях. Потомок человека по имени Меркуша со временем получил фамилию Меркушина, и она закрепилась за его родом, передаваясь из поколения в поколение.