Фамилия Маркушина восходит к каноническому мужскому имени Марк (римское родовое имя, в переводе с латинского – либо «слабый, вялый», либо «родившийся в марте»). Имя имеет ряд производных форм, одна из которых — Маркуша — и легла в основу данной фамилии. Скорее всего, основатель рода Маркушиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Маркуша, со временем получил фамилию Маркушина.