Фамилия Маркушов образована от имени или прозвища Маркуш. Основа здесь — редкая для русской традиции суффиксальная форма имени Марк. Если стандартное уменьшительное от Марка — Маркуша (через суффикс -уш-), то Маркуш — более краткий вариант, характерный для западных и южных славянских диалектов. В польском, украинском и белорусском языках суффикс -уш часто заменяет русское -ушк- или -ух-, давая более короткие прозвища: Маркуш, Ванюш, Петруш. Фамилия Маркушов, таким образом, — патроним на -ов, отвечающий на вопрос «чей?»: сын Маркуша.

Исходное имя Марк (от латинского Marcus, предположительно связанного с богом Марсом) в крестьянской и мещанской среде было не самым частым, но устойчиво встречалось в святцах. А вот прозвище Маркуш могло закрепиться и за человеком, не носившим этого имени: так нередко называли того, кто служил у человека по имени Марк, или даже давали ироничное прозвище по аналогии с евангелистом (например, за привычку много писать или вести записи).

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и западнорусским областям, а также к Украине и Белоруссии. В дореволюционных переписях Маркушовы чаще всего фиксировались в Курской, Воронежской и Смоленской губерниях — на территориях, где смешивались великорусские и малорусские говоры. Суффикс -ов, а не -ин, указывает на то, что основа мужского рода (Маркуш), а не женского (Маркуша), что для русской модели типично: если прозвище оканчивалось на согласный, прибавляли -ов.

С точки зрения социального статуса, фамилия Маркушов почти наверняка крестьянская или однодворческая. Дворянские роды с такой фамилией в гербовниках не значатся. В XIX веке Маркушовы встречаются среди государственных крестьян и мещан, изредка — среди купцов третьей гильдии в уездных городах.

Интересная деталь: фамилия Маркушов могла возникнуть и как вариант фамилии Маркушев, но с заменой суффикса под влиянием местного произношения. В некоторых говорах -ев после шипящих переходило в -ов (ср. Клюшов вместо Клюшев). Однако для фамилии Маркушов более вероятно прямое образование от Маркуш, а не переоформление из Маркушев, потому что форма Маркуш встречается в документах XVII–XVIII веков как самостоятельное прозвище.