Фамилия Маркушины — один из примеров того, как просторечная форма крестильного имени закрепилась в родовом прозвище. В её основе лежит имя Маркуша — уменьшительно-ласкательный вариант канонического имени Марк. Само имя Марк имеет римское происхождение: по одной версии, оно переводится как «слабый» или «вялый», по другой — означает «родившийся в марте». На русской почве имя обросло множеством обиходных форм, и Маркуша — одна из самых естественных для повседневного общения.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Маркуш- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В буквальном смысле Маркушин — это «сын Маркуши», «потомок того, кого звали Маркушей». По такому же принципу возникли десятки фамилий от других производных имён: Ивашин, Петрушин, Валюшин.

О точном времени и месте появления фамилии Маркушины говорить сложно — процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий, и крестьянские семьи часто получали их лишь к XIX веку. Однако фамилия эта встречается в разных регионах, что говорит о её давней и широкой распространённости. Её носители могли быть и крестьянами, и мещанами, и служилыми людьми — единого сословного «потолка» у такой модели нет.

С точки зрения словообразования фамилия Маркушины стоит в ряду так называемых «патронимических» фамилий на -ин. Это один из самых древних и устойчивых типов русских фамилий: он фиксирует прямую связь с именем отца или деда. В данном случае связь прослеживается прозрачно: Маркуша → Маркушин.