Фамилия Маркушева образована от производной формы крестильного имени Марк. Само имя Марк — римское родовое, его связывают либо с латинским «marcus» («молоток»), либо со значением «родившийся в марте». В русской традиции имя давало множество уменьшительных вариантов, и один из них — Маркуша — стал основой для фамилии. Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Маркушев — буквально «сын Маркуши». Такая модель (основа на мягкий согласный или шипящий плюс «-ев») типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я.

Интересно, что фамилия Маркушева — женская форма, мужской вариант — Маркушев. Поскольку в основе лежит именно Маркуша, а не, скажем, Марк, фамилия несёт отпечаток бытового, домашнего общения: предка звали не полным церковным именем, а ласково — Маркушей. Это указывает на то, что носитель фамилии, скорее всего, происходил из крестьянской или мещанской среды, где сокращённые имена были нормой.

В ономастике фамилия Маркушев не так распространена, как, например, Марков или Маркин, что делает её более редкой и локальной. Встречается она преимущественно в северных и центральных регионах России, а также на Урале — там, где фамилии на «-уша» и «-уха» (Маркуша, Петруша, Вакуша) фиксировались чаще. Если сравнивать с однокоренными, то Маркушев отличается от Маркова именно суффиксом: «-ушев» — это не патроним от полного имени, а отчество от уменьшительного, что говорит о более позднем закреплении фамилии и её «домашнем» происхождении.