Фамилия Маркушин восходит к каноническому мужскому имени Марк (римское родовое имя, в переводе с латинского – либо «слабый, вялый», либо «родившийся в марте»). Имя имеет ряд производных форм, одна из которых — Маркуша — и легла в основу данной фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Маркуша, со временем получил фамилию Маркушин.