Фамилия Маркушин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от имени или прозвища через суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Маркушин, то есть сын или потомок Маркуши. Исходная форма — Маркуша — уменьшительно-ласкательный вариант канонического имени Марк.

Само имя Марк пришло на Русь вместе с христианством. Его происхождение спорно: по одной версии, латинское «marcus» означает «слабый, вялый», по другой — восходит к названию месяца марта (лат. Martius) и связано с богом войны Марсом. В русской народной среде имя быстро обросло обиходными формами: Маркуша, Маркуха, Маркуня. Именно от них пошли фамилии Маркухин, Маркунин, а также Маркушин.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли получить и крестьяне, и дворяне, фамилии на -ин в центральной России чаще встречались у людей, чей предок носил имя или прозвище с окончанием на -а/-я. Маркуша — типичный пример такого имени в бытовом общении. Поэтому Маркушины — это в первую очередь потомки человека по имени Маркуша, а не владельца какого-то ремесла или прозвища.

Географически фамилия встречается в разных регионах, но особенно часто — в областях, где было распространено имя Марк: в центральной России, Поволжье и на юге. Встречается и вариант с ударением на второй слог — Марку́шин, что свойственно некоторым говорам.

Если ваш предок носил фамилию Маркушин, можно с высокой вероятностью предположить, что его звали Марком, а в быту — Маркушей. Никакой дополнительной «профессиональной» или «прозвищной» нагрузки фамилия не несёт: это чистое отчество, образованное от народной формы церковного имени.