Фамилия Маркушенко — характерный пример украинской модели образования фамилий на -енко. В украинской ономастике суффикс -енко означает «маленький» или «сын»: Маркушенко — это «сын Маркуша». Сама форма Маркуш — это уменьшительно-ласкательный вариант крестильного имени Марк (от латинского Marcus — «молоток»). В украинской и белорусской традиции имена часто усекали и смягчали суффиксами -уш, -юк, -ик, поэтому Маркуш — такое же естественное производное, как, скажем, Иван → Ивануш.

Интересно, что фамилия Маркушенко почти не встречается в России и Беларуси, зато плотно привязана к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине. Это указывает на то, что предки носителя фамилии были, скорее всего, казаками или крестьянами из этих регионов. В реестрах Запорожского войска и в метрических книгах XVIII–XIX веков фамилии на -енко встречаются сплошь и рядом: это был самый массовый способ назвать сына по отцу.

Не стоит путать Маркушенко с фамилией Маркушев (русская модель на -ов) или Маркушевич (польско-белорусская модель). Маркушенко — чисто украинская фамилия, и её носитель почти наверняка имеет корни в левобережной Украине. Если копнуть глубже, можно найти и вариант Маркушенко с ударением на второй слог (Марку́шенко) — это диалектная особенность некоторых говоров Слобожанщины, где ударение смещается на суффикс.

Есть и редкая версия, что основа могла быть не от имени Марк, а от прозвища Маркуша, которое давали человеку, похожему на мартышку (обезьяну) — из-за подвижности или внешности. Но это скорее народная этимология: в ономастических словарях (например, у Ю. Редько) первая версия считается основной.