Фамилия Маркушевы — одна из тех, где за привычным окончанием скрывается уменьшительная форма имени. Её основа — не само имя Марк, а его производная форма Маркуша. Так на Руси ласково или в быту называли человека по имени Марк, и именно это обиходное прозвище, а не полное церковное имя, закрепилось в фамилии.

Имя Марк пришло из Рима. Латинское Marcus — это личное имя, которое связывают либо с названием месяца Martius (март), либо с прилагательным marcus, означающим «слабый, вялый». В православной традиции имя закрепилось благодаря апостолу Марку, и оно вошло в русские святцы. Однако в народе полное имя использовали реже, чем его сокращённые варианты: Маркуша, Маркуха, Маркуня. Именно форма на -уша и дала начало фамилии Маркушев.

Модель образования типична для русской ономастики: к основе Маркуш- добавили притяжательный суффикс -ев, который указывал на принадлежность — «чей?» — «Маркушев сын» или «Маркушев внук». Со временем притяжательное прилагательное превратилось в наследственную фамилию. Суффикс -ев, а не -ов, объясняется мягкой основой (шипящий «ш»): по правилам русского языка после шипящих и мягких согласных пишется -ев.

Точное время и место возникновения фамилии Маркушевы установить сложно, как и для большинства фамилий на -ев. Такие фамилии массово оформлялись в XVI–XVII веках, когда за крестьянами и посадскими людьми закреплялись родовые прозвания. Можно предположить, что предки Маркушевых жили в северных или центральных областях России, где имя Марк было распространено, а суффикс -уша в именах встречался особенно часто.

В отличие от фамилий, образованных от полного имени (Марков), вариант Маркушев указывает на более тесную, семейную или дружескую связь с человеком по имени Марк. Носитель такой фамилии — потомок не просто Марка, а того Марка, которого в домашнем кругу звали Маркушей. Эта деталь придаёт фамилии оттенок теплоты и бытовой конкретности.

В написании фамилии возможна вариативность: встречается как Маркушев, так и Маркушов, но нормативным для литературного языка считается первый вариант. В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия Маркушевы встречается нечасто, что говорит о её сравнительной редкости по сравнению с однокоренной фамилией Марков.