Фамилия Маркушев образована от производной формы канонического имени Марк — Маркуша. Само имя Марк имеет латинские корни: это римское родовое имя, которое чаще всего связывают либо со значением «слабый, вялый», либо с месяцем мартом (лат. Martius), то есть «родившийся в марте». В русской народной среде имя Марк давало множество уменьшительных и обиходных вариантов: Марко, Маркуня, Маркуша. Последняя форма — Маркуша — и стала основой фамилии.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: к основе Маркуш- добавили патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Маркушев, то есть сын Маркуши). Суффикс -ев, а не -ов, появился из-за мягкого шипящего «ш» на конце основы: после мягких согласных и шипящих в русской ономастике закономерно пишется -ев.

Фамилия Маркушев — относительно редкая. По данным современных исследований, она встречается в основном в центральных и северных областях России, а также в Поволжье. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались преимущественно среди крестьян и мещан, что неудивительно: фамилии на -ев, образованные от уменьшительных форм крестильных имён, были распространены в непривилегированных сословиях.

Стоит обратить внимание на один нюанс: фамилию Маркушев не следует путать с более распространённой Маркушевский. Вторая — польского или украинского происхождения, с суффиксом -ский, и указывает на принадлежность к географическому объекту (например, к местечку Маркушев). Маркушев же — чисто русская патронимическая фамилия, без территориальной привязки.

В ономастических справочниках фамилия Маркушев обычно не получает отдельного разбора, однако её механизм образования хорошо описан в трудах Б. Унбегауна («Русские фамилии»): он относит подобные модели к группе фамилий, образованных от уменьшительных форм крестильных имён с помощью суффикса -ев. Таким образом, предок носителя фамилии Маркушев с большой вероятностью носил имя Марк или его обиходную форму Маркуша.