Фамилия Меркушенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала доминирующей в Поднепровье и на Левобережье. Суффикс -енко в украинской ономастике выполнял функцию, схожую с русским -ович или польским -ич: он указывал на «сына» или «потомка» человека, названного в основе. Таким образом, Меркушенко буквально означает «сын Меркуша», а сам Меркуш — это уменьшительно-обиходная форма канонического имени Меркурий.

Имя Меркурий пришло на Русь вместе с христианством из Византии. В греческой традиции оно восходит к имени бога торговли Гермеса (в римском варианте — Меркурия). В святцах имя закрепилось благодаря святому Меркурию Кесарийскому, воину-великомученику III века. Однако в народной среде полное церковное имя часто сокращали и переделывали на свой лад: так появились Меркул, Меркуша, Меркуш. От этих обиходных форм и пошли многочисленные фамилии — Меркулов, Меркушев, Меркушкин, а на украинских землях — Меркушенко.

С точки зрения географии фамилия Меркушенко наиболее типична для центральных и восточных областей Украины — Полтавщины, Черкасщины, Сумщины. Встречается она и в южных регионах России, куда активно переселялись украинские крестьяне и казаки в XVIII–XIX веках. Меркушенко — фамилия недворянская, её носителями в основном были казаки, мещане и крестьяне. В реестрах Запорожского войска можно найти аналогичные фамилии на -енко, что подтверждает её массовое бытование в казачьей среде.

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где ударение почти всегда падает на основу (Меркулов), в украинских фамилиях на -енко ударение часто смещается на суффикс — Меркушенко́. Впрочем, в современной речи встречаются оба варианта, и это не меняет смысла фамилии. Если ваш предок носил её, он, скорее всего, происходил из украинской семьи, где имя Меркурий звучало как простое и привычное Меркуш.