Основой фамилии Меркушин послужило мирское имя Меркуша. Фамилия Меркушин восходит к древнеримскому богу, покровителю торговли, Меркурию, изображаемому с крылышками на ногах. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Меркуша, со временем получил фамилию Меркушин.