Фамилия Меркишев — довольно редкая, и её разбор сразу упирается в вопрос: от какого имени или прозвища она пошла? Первое, что приходит на ум — основа «Мерк-», которая может быть вариантом имени Марк или уменьшительного Меркул (от Меркурий). В русской народной традиции имя Меркул (через святого Меркурия Кесарийского) нередко сокращали до Меркуша, Меркиш — отсюда и фамилия Меркишев, то есть «сын Меркиша». Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: чей? — Меркишев.

Но есть и вторая версия, менее очевидная, но любопытная. В диалектах русского языка (особенно северных и уральских) слово «меркнуть» имело не только значение «темнеть», но и «тускнеть, терять силу». Прозвище Меркиш могли дать человеку медлительному, вялому или, наоборот, тому, кто «мерк» на фоне других — скромному, незаметному. Однако эта версия слабее: прозвища от глаголов с суффиксом «-ыш» (как Малыш, Глупыш) более характерны для фамилий на «-ов» (Малышев, Глупышев), а здесь у нас «-иш», что скорее указывает на уменьшительную форму личного имени.

Географически фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Пермском крае, Кировской области, Татарстане. Это косвенно подтверждает первую версию: имя Меркул было популярно в старообрядческой среде, а Урал и Прикамье — регионы, куда старообрядцы бежали от реформ XVII века. Так что предки Меркишевых могли быть староверами, носившими имя Меркул или его производные.

В написании фамилия устойчива: вариант Меркишев встречается в документах с XIX века, а вот Меркишов (с «-ов») — ошибка или случайное искажение. Сравните с однокоренными фамилиями: Меркушев, Меркулов, Меркушин — все они восходят к тому же имени, но Меркишев отличается более редкой формой основы.