Фамилия Меркишена — женская форма, образованная от мужской фамилии Меркишен. В русской традиции такие фамилии на -а/-я получали женщины в семье (жёны или дочери), поэтому носительница фамилии Меркишена — скорее всего, потомок человека по фамилии Меркишен. Сама же основа необычна и заставляет задуматься: откуда взялся корень «Меркиш»?

Здесь возможны две версии, и обе ведут в разные эпохи. Первая, самая вероятная, — литовское или польское происхождение. В Литве и Польше существует фамилия Merkys (Меркис), образованная от личного имени Меркис (уменьшительное от Меркурий или местное балтское имя). Суффикс -ен (-ен) в восточнославянском оформлении мог добавиться при адаптации: Меркис → Меркишен («сын Меркиса»). Тогда Меркишена — это «дочь/жена Меркишена». Подтверждает эту версию и география: фамилия встречается в основном в западных регионах России, в Беларуси и на границе с Литвой, где исторически жили литовцы и поляки.

Вторая версия — прозвищная, но менее убедительная. В русских говорах слово «меркиш» не зафиксировано, однако можно предположить связь с глаголом «меркнуть» (терять яркость, тускнеть). Прозвище Меркиш могли дать человеку с бледной кожей или невыразительной внешностью. Но такая гипотеза слаба: суффикс -иш в русских прозвищах редок, и для него нет надёжных параллелей. Гораздо правдоподобнее, что фамилия — не славянская по корню, а пришлая, балтская.

Фамилия Меркишена несёт на себе отпечаток межэтнических контактов: литовское или польское имя, «обрусевшее» через патронимический суффикс -ен. Такие фамилии — живые свидетели того, как в XVI–XVIII веках люди перемещались между Великим княжеством Литовским и Московским государством, меняя языки и обычаи, но сохраняя родовое имя.