Фамилия Меркишина — женская форма фамилии Меркишин. В русской традиции такие фамилии заканчиваются на -ин, если основа мужской формы оканчивается на согласный (в данном случае — на -ш). Вопрос, откуда пошла основа.

Корень здесь — Меркиш. Это не каноническое имя, а скорее прозвище или производная форма от имени. Скорее всего, перед нами вариант крестильного имени Меркурий. В народной речи имя Меркурий (от латинского Mercurius — имя римского бога торговли) часто сокращали и переделывали: Меркуша, Меркушка, Мерка, Меря. От таких обиходных форм и образовывали фамилии. Суффикс -иш- мог появиться как ласкательный или, наоборот, пренебрежительный вариант: Мерк → Меркиш. То есть Меркишин — буквально «сын Меркиша», а Меркиш — это человек по имени Меркурий в бытовом, неофициальном общении.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «меркиш» могло быть прозвищем, связанным с мерой, измерением. Скажем, так могли называть мелочного, дотошного человека или, наоборот, того, кто занимался обмером земли или товаров. Но эта версия слабее: слово «меркиш» не фиксируется в диалектных словарях как распространённое прозвище, тогда как связка с именем Меркурий — типовая для русских фамилий.

Географически фамилия редкая. Встречается в центральных областях России и на Урале, что тоже косвенно подтверждает версию с именем: Меркурий был популярен в купеческой и крестьянской среде, особенно в XVII–XVIII веках.

Интересная деталь: в фамилии сохранился редкий суффикс -иш-. В русских фамилиях чаще встречаются -ушк- (Меркушкин) или -к- (Меркин). Форма на -иш- — более грубая, «простонародная», что говорит о низком социальном статусе первого носителя. Скорее всего, предок был крестьянином или посадским человеком, которого в документах записали не по церковному имени, а по уличному прозвищу.