Фамилия Меркешева — редкий случай, когда географический ключ к разгадке лежит почти на поверхности. Её основа, Меркеш, с высокой вероятностью восходит к названию казахского аула Мерке (ныне село в Жамбылской области) или к реке Мерке. В тюркских языках «мерке» означает «круглый, кольцеобразный» — так могли назвать излучину реки или горную котловину. Формант -еш в таких именованиях часто указывает на принадлежность: «меркеш» — выходец из Мерке. Фамилия, таким образом, оказывается типичным топонимическим прозвищем, которое закрепилось за переселенцем, переехавшим в русскоязычную среду.

Модель образования — суффикс -ев, присоединённый к основе на шипящий (-ш). Это стандартный для русской фамильной системы патроним или матроним, но в данном случае он оформляет не имя отца, а прозвище по месту. Ударение, судя по распространённому произношению, падает на второй слог: Мерке́шева. Важно не путать с фамилией Меркушева, которая происходит от крестильного имени Меркурий — здесь корень иной, тюркский, а не греческий.

В дореволюционных метриках и ревизских сказках фамилия не встречается, что указывает на её относительно позднее оформление — скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда уральские и сибирские казаки, а также крестьяне-переселенцы активно фиксировали прозвища в документах. Носительница фамилии Меркешева почти наверняка имеет предков, связанных с казахскими степями или приграничными районами Оренбуржья, где смешение тюркских и славянских антропонимов было обычным делом. Других версий, например, от диалектного глагола «меркесить» (суетиться), ономастика не предлагает — такая основа не зафиксирована в говорах.