Фамилия Меркешина — форма женского рода, мужской вариант — Меркешин. Редкая русская фамилия, которая почти не встречается в центральных областях России, а сосредоточена в Поволжье и Предуралье. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Меркеш. Чтобы понять его происхождение, нужно заглянуть в тюркские языки, с которыми русские издавна соседствовали.

Самая прямая версия связывает имя Меркеш с тюркским словом «меркеш» — «проворный», «ловкий», «шустрый». Так могли прозвать бойкого человека, расторопного работника или предприимчивого торговца. Имя Меркеш (в разных диалектах — Меркес, Меркиш) действительно фиксируется в татарских и башкирских родословных, откуда оно могло перейти и к русским крестьянам в смешанных регионах, например, в бывшей Казанской или Оренбургской губерниях.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Меркешин — сын Меркеша. Фамилия образована по самой распространённой русской модели, но основа у неё нерусская. Есть и более редкая, чисто русская версия: в северных говорах «меркесить» означало «мелькать», «мерещиться». Тогда Меркеш — человек, который то появляется, то исчезает, или тот, кто видит что-то неясное, призрачное. Однако эта версия менее убедительна, так как фамилия географически привязана к тюркоязычному ареалу.

Фамилия Меркешина недворянская, не попала в Гербовник. Её носители — скорее всего, крестьяне или мещане из многонационального Поволжья. В метрических книгах XIX века Меркешины встречаются в Саратовской и Самарской губерниях, часто в сёлах, где жили рядом русские, татары и мордва. Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, что делает её хорошим маркером происхождения из тех мест.