Фамилия Меркешкина образована от просторечной формы крестильного имени Меркурий — Меркешка. Цепочка превращений здесь длинная, но прослеживается она довольно четко. Имя Меркурий восходит к имени древнеримского бога — покровителя торговли, которого изображали с крылышками на ногах. В XIII веке это имя принял монах, ставший смоленским епископом. В память о нем тысячи простых русских крестьянских ребят крестили Меркуриями.

В народной речи длинное и непривычное имя переиначивали на свой лад. Так появились уменьшительные формы Меркула, Меркеша и, наконец, Меркешка — ласковое, обиходное обращение. Именно от этой формы и пошла фамилия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Меркешкина буквально значит «дочь или жена Меркешки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имен и прозвищ.

Сам по себе суффикс -к- в основе имени говорит о том, что форма была обиходной, домашней. Подобные имена часто давали детям в деревнях, где церковное имя соседствовало с повседневным, более простым вариантом. Со временем это прозвище закрепилось за потомками, и человек, носивший имя Меркешка, стал родоначальником целого рода Меркешкиных.

Интересно, что фамилия сохранила именно женскую форму — Меркешкина. В русской традиции так записывали женщин, тогда как мужчины в той же семье носили бы фамилию Меркешкин. Оба варианта встречаются в документах, и оба указывают на одно и то же происхождение — от имени Меркешка.