Фамилия Мерьхайдаров — редкая, и её происхождение ведёт к тюркским корням, скорее всего, к татарскому или башкирскому языку. Основа фамилии — мужское личное имя Мерьхайдар, которое представляет собой сложение двух арабских компонентов: «Мерь» (вариант «Мир», «Амир» — «повелитель, князь») и «Хайдар» (одно из имён халифа Али, означающее «лев»). Таким образом, имя Мерьхайдар можно перевести как «повелитель-лев» или «князь, подобный льву», что звучало как пожелание силы и благородства.

Фамилия образована по классической тюрко-русской модели: к основе Мерьхайдар прибавлен суффикс -ов. Это типичный патроним, отвечающий на вопрос «чей?» — то есть «сын Мерьхайдара». Русская грамматика оформила фамилию в мужской род с окончанием -ов, что характерно для многих фамилий народов Поволжья и Урала, вошедших в состав Российской империи. Женская форма, соответственно, Мерьхайдарова.

Обращает на себя внимание написание с мягким знаком после «р» — Мерьхайдаров. Это не случайная описка: в тюркских языках звук «р» в конце слога часто смягчается, и при передаче через русскую графику это смягчение могли фиксировать буквой «ь». Встречаются варианты Мерхайдаров или Мирхайдаров — без мягкого знака, но именно форма с «ь» указывает на конкретную диалектную особенность, возможно, связанную с казанским или мишарским произношением.

Социально предки носителя фамилии, скорее всего, были из среды служилых татар или башкир. Имя Хайдар (и его производные) было распространено среди мусульманского духовенства и воинов, поэтому можно предположить, что основатель рода мог быть либо муллой, либо конным воином, несшим сторожевую службу на границах. Фамилия не дворянская и не крестьянская в классическом русском смысле — она принадлежит к сословию «инородцев», которые в XVII–XIX веках получали фамилии при переписях и воинском учёте.

В современных справочниках фамилия Мерьхайдаров почти не встречается, что говорит о её редкости и узкой локальной привязке. Поиск по базам данных показывает единичные случаи в Татарстане и Башкортостане, что подтверждает гипотезу о происхождении из волго-уральского региона.