Фамилия Мерхайдарова — редкий случай, когда географический и языковой анализ сразу сужает круг поиска до одного-двух регионов. Её основа почти наверняка восходит к тюркскому мужскому имени Мерхайдар (варианты — Мирхайдар, Мергайдар). В этом имени слились два корня: арабский «мир» (эмир, князь, предводитель) и «хайдар» (лев, одно из имён халифа Али, особо почитаемое у мусульман-шиитов). Получается «лев-предводитель» или «князь-лев» — типичная для восточных имён формула силы и достоинства.

Суффикс «-ова» указывает, что фамилия женская по форме, а её носительница — потомок человека по фамилии Мерхайдаров. Мужской вариант, Мерхайдаров, образован по стандартной русской модели от тюркского имени: к основе добавили притяжательный суффикс «-ов», означающий «чей?» — «сын Мерхайдара». Интересно, что в отличие от многих фамилий на «-ов», где основа легко опознаётся как славянское прозвище, здесь мы имеем дело с полным переносом арабо-тюркского антропонима в русскую фамильную систему.

География фамилии подсказывает её вероятную родину. Мерхайдаровы чаще всего встречаются среди татар и башкир, особенно в западных районах Башкортостана и на юго-востоке Татарстана. В этих местах имя Хайдар (Гайдар) было распространено, а приставка «Мир-» (от «эмир») указывает на возможную принадлежность предка к духовному или военному сословию, хотя прямых документальных подтверждений этому нет. Встречается фамилия и у казахов, но там она обычно пишется как Мирхайдаров или Мерхайдаров.

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что сохранила начальное «е», а не «и» (Мер- вместо Мир-). Это может быть следствием местного диалектного произношения в татарском или башкирском языке, где гласный в начале слова редуцируется. В официальных документах XIX века, когда фамилии фиксировались со слов крестьян, писарь записывал услышанное «Мерхайдар», а не книжное «Мирхайдар». Так что написание фамилии — живая фонетическая запись, а не результат орфографической ошибки.