Фамилия Мерлухин — одна из тех, что образована от прозвища, связанного с ремеслом или торговлей. В её основе лежит слово «мерлуха» — так на Руси называли шкурку ягнёнка грубошёрстной породы, выделанный мех молодой овцы. Соответственно, Мерлухой или Мерлухой могли прозвать скорняка, выделывавшего такие шкурки, либо купца, торговавшего мерлушками. Фамилии на -ин, как правило, образовывались от основ на -а/-я, поэтому Мерлухин — это буквально «сын (или потомок) Мерлухи».

Слово «мерлуха» имеет тюркские корни (сравните с татарским «бәрәкә» — ягнёнок) и прочно вошло в русский язык именно в среде скорняков. В словаре Даля «мерлуха» и «мерлушка» — это «смушка, шкурка ягнёнка; мелкий, курчавый мех». Таким образом, фамилия Мерлухин — профессиональная, из числа тех, что указывают на конкретный товар или занятие предка, а не на его внешность или характер.

Интересно, что фамилия эта довольно редкая. В отличие от массовых «ремесленных» фамилий вроде Кузнецов или Плотников, Мерлухин сохранила узкую специализацию. Она бытовала преимущественно в центральных и южных губерниях России, где было развито овцеводство и переработка шерсти. Встречается также вариант написания через «а» — Марлухин, но он менее распространён и, вероятно, возник из-за акающего произношения.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: прозвище Мерлуха (человек, связанный с мерлушками) плюс патронимический суффикс -ин. Если бы основа оканчивалась на согласный, мы бы получили фамилию Мерлухов, но форма на -ин подтверждает, что прозвище имело окончание -а. Сравните с однокоренными, но менее очевидными фамилиями: Мерлушкин, Мерлушков — они образованы от того же корня, но через уменьшительную форму «мерлушка».

Никаких дворянских корней у Мерлухиных не прослеживается — это типичная фамилия крестьянского или мещанского сословия, указывающая на род занятий, а не на владение землёй. В дореволюционных переписях Мерлухины чаще всего числились в однодворцах, государственных крестьянах или ремесленниках.