Фамилия Мерушкин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Мерушкин, то есть сын или потомок Мерушки. Основа Мерушка — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Мирон (в народном произношении — Мерон) или от редкого имени Меркурий, которое в просторечии звучало как Меркул или Меркуша. В обоих случаях «Мерушка» — это домашнее, обиходное прозвище, каким в крестьянской среде называли человека в семье или общине.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «меруха» или «меруша» — так в некоторых говорах могли называть медлительного, вялого человека или, наоборот, того, кто «мерит» землю шагами (от глагола «мерить»). Однако в русских фамилиях на -ин редко встречается основа, напрямую образованная от глагольного корня без посредства имени. Поэтому версия с производным от Мирона или Меркурия выглядит убедительнее: она опирается на массовую практику, когда фамилии возникали из усечённых форм крестильных имён, забытых в официальном обиходе.

Географически фамилия Мерушкин не относится к числу широко распространённых. Она встречается разрозненно, в основном в центральных и северных регионах России — в бывших Новгородской, Вологодской, Костромской губерниях. Там же, в писцовых книгах XVI–XVII веков, можно найти упоминания крестьян и посадских людей с именем Мерушка, но без фамильного закрепления. В более поздних переписях XVIII–XIX веков носители фамилии Мерушкин фиксируются как государственные крестьяне или мещане, что типично для фамилий, образованных от народных форм имён.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Мерушкин стоит в одном ряду с такими, как Мирошкин, Меркушкин, Марушкин, но отличается редкой основой «Меруш-», которая могла возникнуть под влиянием местного произношения или как вариант от того же имени, но с другим суффиксом. В ономастических словарях (например, в работах Б. Унбегауна) прямо не разбирается, но по аналогии с фамилиями на -ушкин (Ванюшкин, Петрушкин) можно уверенно отнести её к категории «патронимов от уменьшительных форм». Таким образом, предок современного Мерушкина, скорее всего, звался в быту Мерушкой, а его отца — Мироном или Меркурием.