Фамилия Марушкин образовалась от прозвища Марушка, а не напрямую от крестильного имени. В основе лежит не один, а два разных смысловых пласта, и это делает фамилию неоднозначной.

Самая прямая версия — связь с глаголом «марать». В этом случае Марушкой называли неряшливого, неопрятного человека, того, кто пачкается сам или пачкает других. Однако та же основа в среде офеней (бродячих торговцев) имела совершенно другое значение: «марушка» — это гривна, денежная единица. Так могли прозвать бережливого или богатого торговца, что делает фамилию не унизительной, а скорее уважительной.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с женским именем Мария, точнее с его просторечной формой Марушка. В таком случае фамилия означала бы «сын Марушки», то есть сын женщины по имени Мария. Но для русской традиции образование фамилии от женского имени — случай редкий, обычно так называли детей, воспитанных матерью без отца. Поэтому эта версия уступает прозвищной.

Исторический документ подтверждает бытование прозвища: в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского записан Марушка, крестьянин, 1545 год, Новгород. Именно эта запись — реальное свидетельство, что прозвище существовало задолго до того, как закрепилось в фамилии. Потомок этого человека или другого Марушки и стал Марушкиным.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Марушкин, то есть сын, внук или слуга Марушки. Это типичная русская модель для фамилий, образованных от прозвищ и имен, оканчивающихся на -а/-я.

Таким образом, в фамилии Марушкин столкнулись два бытовых значения: «неряха» и «денежный человек». Какое из них стало основой для конкретной семьи, без генеалогических изысканий сказать невозможно, но оба корня — живые и понятные.