Фамилия Марушко чаще всего звучит как отчество-прозвище, и ее основа скрывает как минимум две разные истории. Самая распространенная версия связывает прозвище Маруша с глаголом «марать». Так могли назвать неопрятного человека, который ходит в замаранной, испачканной одежде. Но у этого же слова в среде офеней — бродячих торговцев мелким товаром — было и другое значение: марушкой они называли гривну, денежную единицу. Поэтому прозвище Маруша мог получить и бережливый, зажиточный торговец, у которого «марушки» водились.

Суффикс -ко в фамилии Марушко — типичная украинская или южнорусская модель образования отчества. Он указывает на сына человека по прозвищу: Марушко — сын Маруши. Такая форма была широко распространена в казацкой среде и на землях, где украинское влияние смешивалось с русским, что делает фамилию характерной для Левобережной Украины, Слобожанщины и прилегающих областей России.

Менее вероятно, хотя и не исключено, что в основе лежит женское имя Мария. В народной, просторечной форме оно звучало как Маруша. В этом случае фамилию могли дать по имени матери — так называемые матронимы встречаются реже отчеств, но бытовали во всех сословиях, особенно если мать играла главную роль в семье или была вдовой. Однако против этой версии говорит то, что прозвища от глагола «марать» в народе были широко распространены, а вот фамилии от женских имен в этой местности встречаются заметно реже.

Позже прозвище Маруша, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Так и закрепилась фамилия Марушко — сначала как обозначение сына, а затем как наследственное семейное имя. Встречается также родственная фамилия Марушкин, которая образовалась по русской модели с суффиксом -ин, что подтверждает: основа у них общая, а вот региональные особенности словообразования разошлись.