Фамилия Марушева чаще всего — это притяжательное прилагательное, образованное с помощью суффикса -ев от имени или прозвища Маруша. В основе лежит женское имя Мария, которое в переводе с древнееврейского означает «любимая, желанная» или «госпожа». Маруша — одна из многочисленных уменьшительных форм этого имени, таких как Манюша, Маруся, Маря. Фамилия на -ев указывает на принадлежность: Марушева буквально значит «дочь или жена человека по имени Маруша».

Существует и другая версия, выводящая основу от глагола «марать». Согласно ей, Марушей в говорах могли прозвать неопрятного или пачкотного человека. Однако эта гипотеза слабее: имя Мария было одним из самых популярных на Руси, и его производные дали начало целому гнезду фамилий — Марусин, Марухин, Марьин. Версия с именем Мария выглядит правдоподобнее, тем более что суффикс -ш- типичен именно для ласкательных форм крестильных имён (ср. Тимоша от Тимофей, Яша от Яков).

Процесс закрепления фамилий в русской среде был длительным, и точное время возникновения конкретного рода Марушевых можно установить только по генеалогическим документам. Встречаемость фамилии выше в регионах, где были сильны традиции образования фамилий на -ев от женских имён: в южнорусских и белорусских землях, а также в старообрядческих общинах, где нередко давали фамилии по имени матери.