Фамилия Марушков — типичный пример русской фамилии, образованной через суффикс -ов от прозвища или имени. Её основа — «Марушко», что является уменьшительно-ласкательной формой от крестильного имени Маруш. В свою очередь, Маруш — это одна из народных переделок канонического имени Марк или, реже, Марий. В русских говорах имя Марк часто «обкатывали» до более привычных форм: Марко, Марук, Маруш. Суффикс -к- в таких именах (Марушко, Марушка) придавал оттенок ласки или просто указывал на молодого человека.

В отличие от более распространённых фамилий на -ин (Марушкин), форма Марушков говорит о том, что прозвище Марушко склонялось по типу существительных мужского рода на -о: в родительном падеже — «сын Марушка». Поэтому фамилия буквально значит «потомок Марушка». Этот тип словообразования (основа на -о + -ов) встречается реже, чем притяжательные фамилии на -ин от имён на -а/-я, что делает Марушковых не самой частой, но вполне узнаваемой группой.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где формы на -ко (Ивашко, Марушко) были в ходу как полноценные паспортные имена до XVIII века. В частности, в реестрах запорожских казаков и переписях Слобожанщины встречаются прозвища Маруш, Марущенко, Марушко. Со временем, при переселении в великорусские губернии, окончание -ко могли переоформлять в -ков, подгоняя под привычную модель русских фамилий.

Версия о происхождении от прозвища «марушкий» (то есть «пачкающийся», «неряшливый») маловероятна: такого прилагательного в русских говорах не зафиксировано, а корень «мар-» в значении «пачкать» (ср. марать, марушка в значении «грязнуля») даёт фамилии типа Маров, Мараков, но не Марушков.

Таким образом, носитель фамилии Марушков может считать своим предком человека по имени Марушко — вероятно, Марка или Мария, которого в быту звали ласково и коротко. Фамилия не указывает на сословие: её могли носить и крестьяне, и казаки, и мещане, поскольку имя Марк было распространено во всех слоях общества.