Фамилия Марушкина — женская форма, а мужская, Марушкин, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Марушкин буквально значит «сын Марушки» или «человек из семьи Марушки». Основа здесь — не полное имя, а уменьшительно-ласкательная форма.

Марушка — это один из множества вариантов, которые в народной речи давали женскому имени Мария. Церковное имя Мария было одним из самых распространенных на Руси, и оно породило десятки производных: Маня, Маша, Маря, Манюшка, Маруся, Маруха и, в том числе, Марушка. Суффикс -ушк- в русских именах обычно несет оттенок ласки или уменьшительности, так что Марушка — это «маленькая Мария» или просто ласковое обращение к Марии.

Интересно, что в отличие от фамилий, образованных от полных форм (Мариин, Марьин), фамилия Марушкин фиксирует именно обиходное, домашнее прозвище. Предок, получивший такую фамилию, скорее всего, был сыном или внуком женщины по имени Марушка. В крестьянской среде, где фамилии закрепились поздно, могли назвать и по имени матери, если она была известна в округе или рано овдовела. Поэтому Марушкины — это потомки той самой «Марушки», чье имя в семье стало родовым знаком.

В ономастических словарях фамилия Марушкин нередко соседствует с однокоренными — Марухин, Марусин, Марушев. Разница только в суффиксе: -ин и -ов указывают на разное склонение исходного прозвища. Марушкин — форма более редкая по сравнению с Марусиным, но географически она встречается в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской и Тамбовской губерниях, где имя Марушка бытовало как самостоятельное.

Спорных версий у этой фамилии почти нет. Единственное, что иногда предлагают — связь с диалектным словом «марушка» в значении «ворчунья» или «плакса», но это скорее народная этимология. Основная и самая надежная версия — от имени Мария через ласкательную форму.