Фамилия Марушкова — одна из тех, что хранит память о личном имени, но в необычной, уменьшительной форме. В её основе лежит имя Мар (редкий вариант от Марк, Маркел или даже Марьян) или, что более вероятно, производное от Марк через народную форму Маруш. Суффикс -уш- характерен для ласкательных прозвищ и имён в западнорусских и украинских говорах: Маруш — это «маленький Марк» или «Марк-лапочка». Фамилия образована по модели «чей сын?»: Марушков — потомок Маруша. Женская форма Марушкова закрепилась за дочерью или женой.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и от прозвища, не связанного напрямую с крестильным именем. В некоторых диалектах «марушкой» называли нерасторопного, медлительного человека или, наоборот, того, кто постоянно «мается» — суетится без толку. Но эта версия менее распространена: ономасты (в частности, Б. Унбегауна) обычно выводят фамилии на -уш- из личных имён, а не из нарицательной лексики.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и востоку Украины. Встречается в Белгородской, Воронежской, Ростовской областях — там, где исторически смешивались русские и украинские говоры. Суффикс -ков- типичен для русской фамильной модели, но основа с мягким знаком (Маруш вместо Марушк) выдаёт диалектное произношение: в украинском языке уменьшительные формы часто заканчиваются на -уш, без твёрдого окончания.

Социальный контекст прост: носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это «народная» фамилия, возникшая в среде, где человека называли по отцу или деду в бытовом, ласковом ключе. Не путайте её с похожей фамилией Марушкин: там суффикс -ин, что указывает на иную диалектную основу (Марушка — женское имя или прозвище).

Коротко: если вы Марушкова, ваши предки жили на юге России или в Слобожанщине, а фамилия пошла от уменьшительной формы имени Марк — Маруш. Никакой тайны, только тёплое семейное прозвище, застывшее в документах.