Фамилия Мерющенко — редкий образец украинской фамилии на -енко, образованной от прозвища или имени, которое сегодня почти исчезло из обихода. Модель на -енко типична для Левобережной Украины (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина) и в XVI–XVII веках означала «сын такого-то» или «потомок». В основе фамилии лежит имя Мерюк или Меря, которое могло быть как уменьшительной формой христианского имени Мефодий, так и прозвищем, связанным с диалектным словом «мерю» — меряю, измеряю.

В украинской ономастике есть параллельные фамилии Мерюк, Меренко, Мерюкенко — все они восходят к одному корню. Если исходить из прозвищной версии, то Мерюком могли называть землемера, человека, который отмерял участки, или того, кто отличался размеренными, неторопливыми движениями. В народных говорах «мерюга» иногда означала просто «мерильщик», без привязки к конкретной профессии, но с оттенком насмешки.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с этнонимом «меря» — финно-угорским племенем, жившим на территории современных Ярославской и Костромской областей. Однако для украинской фамилии такая этимология маловероятна: прозвища от названий племён обычно давали пришлым людям, но в украинской среде «меря» было незнакомым понятием. К тому же суффикс -енко указывает на восточнославянскую, а не на финно-угорскую среду.

Географически фамилия Мерющенко встречается в основном в северных и центральных областях Украины — Черниговской, Сумской, Полтавской. В России она редка, единичные носители живут в Краснодарском крае и Ростовской области — вероятно, потомки переселенцев с Украины конца XIX — начала XX века. В сословном отношении: скорее всего, предки были казаками или крестьянами, так как фамилии на -енко в этой среде преобладали, а дворянские роды с таким окончанием — исключение.

Ударение в фамилии, судя по аналогиям, падает на второй слог: Мерю́щенко. В документах возможны варианты написания через «и» (Мерющенко) или с одной «с», но это уже ошибки писцов, а не историческая норма.