Фамилия Мещишена — редкий случай, когда географический акцент явно слышен в самом окончании. Форма на «-ена» (а не более привычные «-ов» или «-ин») — это характерный признак западнорусских и, особенно, белорусских фамилий. Такое окончание часто появлялось, когда прозвище или название профессии оканчивалось на мягкий согласный, и при образовании фамилии от него использовалась притяжательная форма: «чей?» — «Мещишин», а в женском варианте «Мещишина». Однако форма «Мещишена» указывает на то, что исходная основа могла звучать как «Мещиша» или «Мещиш» — в белорусском языке это вполне естественно.

Основа фамилии — «Мещиш-» — скорее всего, восходит к слову «мещанин». В дореволюционной России мещане составляли особое сословие: городские жители, не принадлежавшие к дворянству или купечеству, но и не крестьяне. Прозвище «Мещанин» или «Мещиша» (с уменьшительно-пренебрежительным оттенком или просто как местный вариант произношения) давали человеку, который перебрался в город, стал ремесленником или мелким торговцем. Возможно, предок носителя фамилии был выходцем из крестьян, получившим мещанское звание, — в XIX веке это было распространённым явлением.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «мещить» (в некоторых говорах — «мешать», «путать»). Тогда прозвище «Мещиша» могло относиться к человеку нерасторопному или, наоборот, суетливому. Однако сословная версия выглядит убедительнее: фамилии на «-ен(а)» в белорусском и украинском регионах нередко образовывались именно от социальных ярлыков.

Искать носителей фамилии стоит прежде всего в Беларуси и на западе России, особенно в Смоленской и Брянской областях. Встречаемость фамилии крайне низкая, что делает её уникальным маркером конкретной семейной линии. Общего списка «известных Мещишен» не существует — это фамилия не публичная, а бытовая, крепко привязанная к своему региону и сословному прошлому.