Фамилия Месячкин образована от прозвища или нецерковного имени Месячко, которое в старину могли дать ребёнку, родившемуся в новолуние или в определённый лунный месяц. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Месячкин — «сын Месячка» или «человек из рода Месячковых». Форма с -к- в основе (Месячко, а не Месяц) характерна для уменьшительно-ласкательных прозвищ в северных и центральных русских говорах.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Месячка — так могли называть человека, работавшего по месячному найму, «месячника». В XIX веке в некоторых губерниях месячником называли крестьянина, получавшего плату за месяц, а не за день или год. Однако эта версия слабее: прозвище Месячка в значении «работник» встречается редко и обычно не давало фамилию с суффиксом -ин.

Фамилия Месячкин — довольно редкая. Она не попала в массовые списки дворянских родов и не имеет географической привязки к одному региону, что типично для фамилий, возникших из личного прозвища. Её носители встречаются в основном в центральной России и Поволжье, но единичные записи есть и в Сибири, куда фамилию могли занести переселенцы.

С точки зрения словообразования, фамилия Месячкин стоит в одном ряду с такими, как Денёчкин, Вечеркин, Утринкин — все они образованы от названий времени суток или небесных явлений. Но если Денёчкин и Вечеркин могли быть связаны с обстоятельствами рождения, то Месячкин, скорее всего, указывает на внешность или характер: в народе «месячком» называли человека с круглым, бледным лицом, напоминающим полную луну.